为了保护农民专业合作社的合法权益，条例对农民专业合作社的变更登记作了以下三方面的规定：一是哪些项目变更需要申请登记，《农民专业合作社登记管理条例》第二十条第一款规定：“农民专业合作社的名称、住所、成员出资总额、业务范围、法定代表人姓名发生变更的，应当自做出变更决定之日起30日内向原登记机关申请变更登记。”二是以上项目变更需要提交哪些文件，第二十条第二款规定：“（一）法定代表人签署的变更登记申请书；（二）成员大会或者成员代表大会做出的变更决议；（三）法定代表人签署的修改后的章程或者章程修正案；（四）法定代表人指定代表或者委托代理人的证明。”三是《农民专业合作社登记管理条例》第二十四条规定：“变更登记事项涉及营业执照变更的，登记机关应当换发营业执照。”
针对前置许可项目，第二十一条还规定：“农民专业合作社变更业务范围涉及法律、行政法规或者国务院规定须经批准的项目的，应当自批准之日起30日内申请变更登记，并提交有关批准文件。农民专业合作社的业务范围属于法律、行政法规或者国务院规定在登记前须经批准的项目有下列情形之一的，应当自事由发生之日起30日内申请变更登记或者依照本条例的规定办理注销登记：（一）许可证或者其他批准文件被吊销、撤销的；（二）许可证或者其他批准文件有效期届满的。”
考虑到农民专业合作社的成员名册和章程是其成员实现各项合法权益的重要依据，《农民专业合作社登记管理条例》第二十二条第一款规定：“农民专业合作社成员发生变更的，应当自本财务年度终了之日起30日内，将法定代表人签署的修改后的成员名册报送登记机关备案。其中，新成员入社的还应当提交新成员的身份证明。”第二十三条规定：“农民专业合作社修改章程未涉及登记事项的，应当自做出修改决定之日起30日内，将法定代表人签署的修改后的章程或者章程修正案报送登记机关备案。”此外，为了防止因农民专业合作社成员发生变更，使农民成员低于法定比例，第二十二条第二款规定：“农民专业合作社因成员发生变更，使农民成员低于法定比例的，应当自事由发生之日起6个月内采取吸收新的农民成员入社等方式使农民成员达到法定比例。”